Ce temple a été bâti à l’époque ptolémaïque et romaine sur des édifices religieux datant du règne d’Aménophis Ier et de Thoutmosis III. Plus de mille ans plus tard, le temple sera reconstruit à l’époque de Ptolémée VI. Il fut ensuite entouré d’une enceinte de briques crues qui s’ouvrait à l’extérieur, par une porte monumentale, construite par Ptolémée XIII.
La singularité de ce site est autant architecturale que religieuse. Le complexe présente un plan quasi unique en Égypte : il est constitué de deux temples réunis, car consacrés simultanément à deux divinités principales. La partie sud était dédiée au dieu faucon Horus l’Ancien (Haroéris) et la partie nord au dieu crocodile Sobek. Le temple dispose d’ailleurs d’une porte d’entrée et d’un sanctuaire pour chacune de ces deux divinités. Leur culte était complémentaire : Haroéris, dieu hiéracocéphale, était un dieu aérien, solaire ; le dieu Sobek, dieu crocodile, était une entité terrestre et aquatique. Cette dualité, exprimée par des concepts religieux complexes, symbolisait les puissances créatrices divines et le retour perpétuel des cycles de la vie mais surtout, le maintien d’un équilibre, tant dans le monde matériel que dans le monde spirituel.